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开源十年（1632年）十一月，病榻上躺了一年有余的后花山天皇再次病危，太政大臣今出川经季与关白丰臣秀赖前往御所请速立东宫。
因独子夭折，兄弟皆病逝或出家，众公卿皆劝说立秀保为皇太弟，天皇却沉默以对。
秀保知其心中所惮，便借探病之机“宽慰”道：“贞子如今已是王妃，也是陛下唯一子嗣，请相信满仁会照顾妥帖的。”
随后便暗示今出川经季奏请先将满仁过继后花山天皇，再立为东宫，这样，将来的天皇仍会是“正亲町—诚仁亲王—后花山”一脉。
也许是顾及贞子的安危，或是忌惮秀保的威势，又或是为皇室的长远考虑，思忖多日后，后花山天皇最终应允，并同意于十二月初九举行大典，正式册封满仁为东宫，并迁入京都御所居住。
直到这时，那些蒙在鼓里的大名才恍然大悟，明白秀保为何要为嫡子取名“满仁”，原来是为了走当年足利义满没有走完的路。
后花山天皇终究没撑过那个严冬。
开源十一年（1633年）正月初六，秀保专门从明国请来烟火师，在京都举办了盛大的花火大会，可惜后花山已经没有力气出席了，在京极常子的搀扶下，卧病中的他半支起身子，看着窗外璀璨绽放的烟花，虚弱地说道：“你说朕这么做，是对是错呢？”
京极常子此刻已是泪眼婆娑，但仍强忍着悲伤劝慰道：“陛下做的自然是对的，贞子如今也是太子妃，若宫（满仁与贞子之子）也茁壮的很，今后您的血脉将传承下去，这…也是这个情况下最好的办法了吧…请您不要操心这些，好生休养，等过阵子，他们夫妻俩还会带若宫来看我们呢。”
“这些日子让你操心了，老是变着方法地安慰我。也罢，”后花山叹了口气道：“前有外戚专权，后有武士无视天皇权威四百余年，多亏了伏见宫，朕应该算是过得挺如意的一位天皇了吧，说实话，朕能践祚，还多亏了他，只希望他能不忘当初的承诺，别让朕后悔。”
后花山双眼无神，痴痴地望着窗外的烟火，自言自语道：“也许，从朕成为太阁犹子那时起，命运便把朕和丰臣氏连在一起了，若宫的诞生，既是一个终结，也是一个开始吧，朕会在天上保佑他的。即便朕不在了，你也要坚强活下去，为了贞子，也为了朕。”
后花山天皇想伸手为京极常子擦拭眼泪，却已无力气。在紧紧攥住京极常子的手，艰难地晃动了两下后，便瘫倒在了她的怀中。就此，这位经历了战国后期、安土桃山时代，见证了郡山幕府开创和伏见宫皇籍复归等大事的传奇天皇驾崩了，在位十六年，享年五十四岁。随后被追号后花山院，葬于月轮陵。
不同于之前的天皇，新天皇还听从秀保的意见，为其上汉风谥号“光华”，这是自光孝天皇（887）之后，正常驾崩的天皇中加汉风谥号的第一位，也是时隔四百年后再次出现汉风谥号的天皇。
同月，满仁于京都御所践祚，因驾崩后上谥号“孝明”，故后世多称其为“孝明天皇”。即位当日便尊秀保为上皇，因秀保此时已于北山，即原足利义满北山殿改造的鹿苑寺（别称金阁寺）附近修建新御所东明殿，故上院号“东明院”，所颁命令皆称院旨。
同时，立若宫佑仁亲王为东宫，定明年改年号“皇统”。
为巩固皇权，朝廷在东明院的主导下进行了一系列的改革，史称“皇统革新”。
首先便是从制度上重新确定天皇和朝廷的权威，令以心崇传与藤堂高虎在幕府《武家诸法度》及《禁中并公家诸法度》等制度基础上，制定颁布《改新之诏》和《政体书》，主要规定：
1.天下权力，总归天皇；
2.幕府权力和职能全部转移至朝廷，各藩对幕府的责任和效忠也随之转移；
3.普天之下莫非王土，率土之滨莫非王臣，废除“士、农、工、商”制度，将皇室亲缘关系者列为“皇族”，公卿和大名列为“华族”，原幕府和大名家臣、武士列为“士族”，其他从事农、工、商的和底层贱民列为“平民”，位有尊卑，但各等级间允许相互交往；
4.规定太政大臣、关白、征夷大将军位列华族之上、皇族之下，但为虚衔且不常设，其中摄关家和清华家可担任太政大臣和关白，东宫兼任征夷大将军，下设三护国将军，分别由贤仁、清仁、兴仁亲王一脉担任，负责维护各方治安，所需兵权经天皇同意后，由征夷大将军授予；
5.爵位、官职改革：
爵位方面：
按高低分为王、公、侯、伯、君，其中王分为亲王（内）、郡王（内），只能分封皇族（含臣籍降下者），如贤仁，因封地在近江，被封为江亲王，居城也就成为宫号，即“坂本宫”（后来宫号逐渐废除，只保留爵位名）；
公分为兴国公、安国公、辅国公；
侯分为兴郡侯、安郡侯、辅郡侯；
伯分为兴县伯、安县伯、辅县伯；
君不再细分。
皇族中，除了东宫和世子外，
天皇嫡子女封亲王、内亲王，庶子女封郡王、内郡王；
亲王嫡子女封郡王、内郡王，庶子女封安国公、公主；
郡王嫡子女封安国公、公主，庶子女封安郡侯、郡主；
安国公嫡子女封安郡侯、郡主，庶子女封安县伯、县主；
安国侯嫡子女封安县伯、县主，庶子女封大君、乡君；
其后的子孙皆臣籍降下，由朝廷一次性拨款自谋生路，或由侯爵自行恩养。
华族中，摄关家和清华家可封公，大臣家可封侯、名臣家可封伯，
大名中三十万石（指幕府成立时）以上可封公，十五万石以上可封侯，五万石以上可封伯，以下可封君。
其中，谱代可封兴国公、兴郡侯、兴县伯，外样可封辅国公、辅郡侯、辅县伯。但有知行的大名所封爵位为虚封，即朝廷不拨付俸禄，一应开销自行解决。
士族中，确有功者，由其主公奏请批准后可获封侯、伯、君爵。
平民中，确有功者，由地方长官奏请批准后可获封伯、君爵。
官职方面：
收回之前赐给各地大名的虚职，规定今后朝廷职务全部实授，将官职和爵位区分开来。
在现有太政官制、律令制和“七司九曹十二所”基础上进行改革，设内阁取代太政官，下设中务省、文部省、民部省、治部省、兵部省、刑部省、大藏省、宫内省等八省，各省设其下又有二十四司，此外还改设弹正台等机构，因此被称为“阁省制”。
官职设置上力求精简，例如原来太政官的四等官制，缩减成了内阁制，左右大臣掌握最高行政权力，相当于明朝的内阁首辅和次辅，其余如内大臣、大纳言则作为阁臣纳入内阁，其余三等、四等官则大幅削减，相关职能分摊到八省中。
这套体制上的改革可以说主要是针对朝廷的，目的是提高朝廷的权威和效率，同时安抚地方大名，为后续深入推进做准备。