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这一次，带头逼宫的兵部尚书项忠被逼退休。一个月后，太子少保、吏部尚书兼谨身殿大学士商辂同样告老还乡。皇帝和文官集团之间的较量，远没有结束。此后重新掌权的汪直更是让文官们恨之入骨，皇权和相权之间还会有长期复杂的斗争。
汪直所做的事，就是朱见深的意思，加上汪直年轻气盛，拼命想在皇上跟前表现出能干，又没有多少学问，仅凭自己的小聪明，远没有怀恩老练，每兴一次大狱，文官集团就对汪直愤恨加深一次。同年，南京镇监覃力朋上京进贡后回去，用一百艘船只载运私盐，骚扰所过州县。武城县典史责问他，反倒被覃力朋击打，牙齿被打断，另有一人被射杀。汪直查访得知，报告给朱见深，结果覃力朋被逮捕，判处斩刑。覃力朋广施银子，后来侥幸得免，而朱见深通过此事认为汪直能探知奸情，便更加宠爱他。汪直于是任用锦衣卫百户韦瑛作为心腹，屡兴大狱。
在汪直兴大狱中，可以说有些文官自身手脚不清，难免在刑狱中处理太重，范围扩大，这就让文官集团恨之入骨。
汪直重新当上提督后有所收敛，对皇上更加忠心耿耿。成化十四年汪直经曾提出过重要建议，奏请皇帝按文科例设武科乡，其意义在于把武科扩大到乡试和会试，开设武举，使武举逐渐发展成为与一般文士考试相对等的体系，健全明朝的科举制度，像选拔进士那样选拔武官，这有利于武科人才的全面选拔。朱见深依他所言，试行数年，颇有成效。
朱见深更把汪直当成得力助手，命他前往辽东协助处理边疆事务，并可“便宜行事”，这等于给了他很大的权力。十六七岁的汪直，以另一种方式一路前行。
汪直得朱见深“便宜行事”之敕令，巡抚辽东，处置边务。 作为监军，出兵征讨建州女真三卫，大胜。汪直在辽东狠揍了建州女真一顿，这一战在明军五万人的打击下，女真军队被斩首630多人，活捉240多人。建州女真失败得很彻底，此战直接把后来努尔哈赤的老祖宗女真首领李满柱、董山杀死在乱军之中，让明朝东北边境安生了100多年，这场战役就是后世所谓的“成化犁庭”。大概因为败的耻辱，以至于在清史稿里边，没有详尽的纪录。事后，汪直受命总督禁军十二团营，开明代宦官专掌禁军的先河。
汪直于河套地区抵御蒙古鞑靼南下，大胜。鞑靼入侵河套地区，兵扰靖虏，汪直再次监军和兵部尚书王越商议，采取明修栈道暗度陈仓之计，保国公朱永率大军从南路走，汪直和王越则率少部人马沿边境往榆林收集情报，侦查得知疏于防范的蒙古王庭就在威宁海，汪直当机立断调大同宣府两镇精兵两万，昼伏夜行二十七天奔袭至威宁海猫儿庄。时天降大风雪，王越汪直率精骑连夜奔袭至威宁海，敌寇犹未发觉，明军纵兵掩杀，大获全胜。达延汗巴图蒙克（小王子）仅以身逃，达延汗的妻子，蒙古传奇女英雄满都海战死。
成化十七年（1481年）二月，鞑靼进犯大同，汪直率军截杀，胜。鞑靼军入大同市境剽掠，汪直监军三度抗击入寇大同、宣府的亦思马因部，遍布士兵追杀，追至黑石崖等处获得胜利，取得黑石崖大捷，稳定了边秩。
同年七月，汪直再领京军精锐主动出击，胜。
成化十八（1482年）年，受命总镇大同、宣府，专镇大同。这时，汪直虽然掌握了边镇兵权，仍然监督京师十二团营，六月，于延绥抵御鞑靼，大胜。
这让文官集团的脸面无处安放，要是这样一直胜下去，想要扳倒汪直就更难了，所以四处寻找汪直的错处，什么专权独断，四处行贿，拉小圈子排除异己，勾通敌国等等。
机会终于来了，成化十九年，汪直获得密报，鞑靼将大举来犯，请求京师支援，未果。对，没看错，未果，朝中所有人都巴不得汪直死，当然是未果了。
对于朝堂上的这些文官，一直在抓汪直的把柄，早在成化十四年三月，建州女真犯边，汪直欲前去招抚，为司礼监掌印怀恩、大学士万安等人所阻。
既然汪直这样能打仗，那就在大同驻守着，不让汪直回京，在一大帮文官上下的操弄下，惑悠朱见深任命汪直为大同镇守太监，再把京营官兵召还。
汪直既在大同不得还，各道言官纷纷上疏奏其办事苛察纷扰，内阁首辅万安上疏请罢西厂，在一片反对声中朱见深同意，裁撤西厂，文官集团计谋得逞。
到了六月，虏寇入延绥，汪直王越分兵抵御，又获大胜。
汪直越是在边关打胜仗，朝堂上的这些文官就越难受，底下小动作不断，暗中游说边关的许多将士，故意怂恿一些官员犯错，让汪直上当，只要汪直处理了这些官员，等被处理的官员多了，就会营造一种假象，让朱见深上当，到时只要一个奏折，看吧，汪直在边关，天高皇帝远，拥兵自重，独断专行，边关将士深受其害。
果然汪直没文化，年纪又轻，这种高深莫测的计谋还是上当了，万安等人担心王越有智计，恐诱汪直求复进，于是奏请王越与延绥守将许宁换防。把王越跟汪直分开。同月，汪直上奏弹劾副总兵朱鉴等人玩忽职守，以致虏寇入境杀三十四人而去。
汪直上奏，左参将卢钦、右监丞杨雄等人不能御虏，以致敌寇多次入境杀掠人畜，又隐匿不报，论法当究问，并自劾不能节制之罪。同月，汪直又驰书上奏，有自虏中逃回的人传报鞑靼可汗小王子打算纠结大军来犯，恐寡不敌众，请求令旧日所统的京军头目赶赴支援，兵部不允。到了六月，巡抚郭镗上奏，汪直与总兵官许宁共事以来，互生嫌隙，不相和协，并列举了近乎胡闹的五件事为证，一，汪直上厕所不带纸，吩咐许宁在外伺候。二，汪直唆使下人在许宁屋外扮鬼吓唬，三，汪直睡觉不穿衣服，要是有敌偷袭怎么办？四，汪直伙同他人，晚上不睡觉，在营房吃喝。五，汪直在街市吃饭不给钱。表明两人基本上是水火不容。鞑靼大军转瞬即至，恐会败事。
这种无中生有的事多了，最后朱见深也烦了，于是朱见深调汪直于南京御马监。这一下中可以了吧。
可是到了八月，降南京御马监太监汪直为奉御（六品），除威宁伯王越，安置安陆州，革南京工部尚书戴缙、锦衣卫带俸指挥吴绶职，俱原籍为民。
又到了九月，右都御史李裕等奏，汪直获罪，犹有未满者，希望把被汪直排挤的官员们官复原职并赐召还。
看到了吧，这才是目的，文官集团开始反击了，朱见深这才回过味来，以事已处分，李裕等烦扰，而且有的人不是汪直诬陷的为由，命锦衣卫把领头的御史下狱拘问，并停了都察院右都御史李裕、右副都御史屠滽俸禄半年。
汪直走后，许宁等人消极抵御，后又中了小王子的诱兵之计，明军死伤数千人，差点丢掉了大同。大同败仗泄露，朱见深大怒，命锦衣卫执大同总兵许宁、巡抚郭镗、镇守太监蔡新于午门前门，后免了他们的死罪，改为各降官六级，永不起用。
朝中这些朝臣都知道败在不该调走汪直和王越，害怕朱见深责怪，只推说是因为调兵未集，与满朝科道官一起把败仗瞒了下来。直到一年后，终究人心不平，才有人将实情报给了朱见深。
汪直终究只是一个宦官，无根之人，就当汪直查办的都是一些该查之人，在文官眼中也是错，如果汪直换成是进士出身，有这样的成就，就不会成为“文人”眼中的“奸贼”。看看这有多恨啊。可惜历史的记录是有文官来完成的，想把你写成什么样就是什么样？这汪直还能好吗？
此后，史书上就很少有关于汪直的记载了，只有零星提到。弘治元年，南京户部员外郎周从时上奏说应追究前朝遗奸汪直、钱能等人，抄其家以济边用，孝宗以奏疏格式不对为由将周从时下狱不久又放出，原来奏请的事也不了了之。
弘治十一年左右，孝宗召回汪直、梁芳等人，满朝哗然，吏部员外张彩愤而弃官。此是后话。