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他要让所有士兵，都看到这杆大旗，都看到他。在这种最后关头，什么都没有用了，唯一可以依靠的，就是主将的决心与信念。
另一边，高迎祥也做出了相同的事，他命令将自己的闯字大旗，高高举起，吹响了所有的号角，擂破了所有的战鼓，砸锅卖铁，破釜沉舟，一定要冲破官军的最后防线。
这个时候，郝摇旗已经不知道冲到哪里去了，因为远处还有很多地方传来喊杀声，黄龙替代了郝摇旗的角色，他杀红了眼睛，十月的天气已经很冷了，他却脱了上衣，赤膊上阵，提着铁斧，冲向官军队中。
官军已经将所有的器械全部集中到这里，当农民军冲上来时，官军不再吝惜子弹，乱枪齐发，射出了最后一排枪弹，黄龙被击中了脸颊，险些当场丧命，被人抬了回来。
几员最能打的大将，纷纷倒下，或是失踪，农民军的阵线开始浮动了，人心开始崩溃，高迎祥十分清楚，这样的后果，是全军溃散，最后必然是全军覆灭，于是他咬着牙，开始亲自带队冲锋。
在前一天的战斗中，高迎祥伤到了小腹，受伤是很重的，但是他严令亲兵手下，不得传扬出去，只是让人包扎了伤口，用布厚厚的包起，不让血渗出来。
农民军一见高闯王如此英勇，士气大振，立时跟着他疯狂猛扑，孙传庭的人马开始有点顶不住了，此时官军人数上的劣势，开始显现出来。
孙传庭知道，如此硬顶，最终他的人马会损失惨重，敌不住对方的猛扑，到那时候，全军溃散的，说不定就是自己了。
于是他下令，军中撤开一条口子，让高迎祥率人冲出去。
这条令一下，沈周先急了，他跑到孙传庭面前，大呼小叫：“大人，眼看高贼就要被擒，这个时候，为什么下令放跑他？”
孙传庭冷然看了他一眼：“军令如山，有违者斩，退下。”
沈周看着孙传庭那如同磐石一般坚毅的脸庞，不敢再说，只得退下去，命令自己的人马，撤开一条口子，让农民军冲出去。
而农民军这边，一瞧官军的阵营被冲破，兴奋异常，马上向这里涌过来，亲兵们护着高迎祥，也冲了出去。
等到农民军的队伍冲过去大半了，孙传庭这才下令，将口子闭拢。于是官军一个冲杀，又将这个缺口牢牢扎住了。
此时困在谷中的，还有两三千名农民军，这些人一看官军上万人马，又将谷道封死，而且高迎祥已经冲出去了，立时再无战心，沿着谷道，向后面溃散而去，逃得满谷都是。
沈周想要追杀，孙传庭命令不要管这些人，在后面死追高迎祥。沈周这才明白，孙传庭不是要放高迎祥，而是改变策略，变堵截为追击。
要知道，堵截敌军，必遭敌军的死战，而追击则不然，敌人为了快速逃走，肯定不会回头死战，因此追杀起来，要容易得多。况且还有一条最重要的，黑水峪的山路，并不好走，高迎祥逃也逃不快。
孙传庭想得不错，农民军自从冲出官军包围之后，一个个撒脚如飞，拼命狂奔，而高迎祥身负重伤，没办法跑起来，他的亲兵抬着他，黄龙刘哲在两边保着，沿谷道而走。
没走出十里路，后面的官军便追了上来。
这个时候，高迎祥传令后军停步，拼死也要挡住官军。
但是此时，他的命令却意外的得不到执行了。
几天以来，农民军一次次拼命冲杀，而面对孙传庭的官军时，多数人已经没有了斗志，此时冲了出来，更没有人想再回去拼命了，现在大家的心里，都只有一个念头，逃。
只要官军没追到自己身后，刀砍不到自己，绝不停步，一个劲的就是逃，逃，逃……
满谷之内，都是溃散的农民军，后面不时传来惨叫声，那是落后的农民军被官军追及，刀砍枪刺，杀死在当场。惨叫声传来之后，前面的人跑得更快了。
此时高迎祥的情况，却越来越危急。
他已经几乎陷入昏迷，失血过多，嘴唇焦裂，神智不清了。
刘哲一瞧，这样跑下去，不是办法，剧烈颠簸之下，高迎祥最后一点血，都会被流干的，幸好这个时候，天快黑了，谷中还起了一点寒雾，他向前面望了望，只见前面的谷道宽敞了很多，在谷道两侧的山上，有许多天然岩洞。
于是他与黄龙一商量，只好先进山洞去躲一躲，等让过了孙传庭的人马，然后再潜出谷去。
黄龙也知道，这个时候再跑下去，高迎祥性命不保，只能先藏起来。于是他们趁着薄雾，带着十几名亲兵，护着高迎祥爬进一个岩洞。
孙传庭还在率军猛追，沈周见天色已晚，请求歇兵，被孙传庭断然拒绝：“这个时候，只能一鼓作气，不可半途而废，传令军中，不生擒高迎祥，绝不休兵。”
官军因为是追杀，个个也杀得性起，他们一边杀着农民军，一边抢着这些人身上的财物，兴头很高，本来也没打算停下，一听军令，说高迎祥就在前面，岂肯不捉，大家呼喊着，继续追杀。
黑水峪的三十里山路，成了农民军的断头路。
一路上尽是死人死马，刀枪旗帜扔得满谷都是，农民军除了一小部分，约莫四千多人最终冲出了子午谷之外，其余的大半被杀，还有几个高迎祥的部将一看不妙，就地投降了孙传庭。
这一仗，孙传庭完全击溃了高迎祥的五万大军，但是最重要的一个问题，乱军中没有捉到高迎祥，也没发现他的尸体。
孙传庭一直追到黑水峪的尽头，看着一小部分农民军踏上平地，远远地逃了，他断定高迎祥不在其中，于是便审问俘虏，这些俘虏很多人都说，看到亲兵们抬着高闯王在他们的后面，没有跟上来。孙传庭明白，高迎祥已经负了伤，看来没有逃出谷去，就藏在谷中。
于是他传令，沿着谷中寻找，挖地三尺，也要将高迎祥生擒活捉。
经过一天的搜寻，官军们终于发现了高迎祥藏身的山洞，十几个亲兵拼死抵挡，全部被杀，刘哲黄龙都受了伤，与高迎祥一起被擒。
当官军们抬着被俘的高迎祥走出山洞，来到孙传庭面前时，孙传庭这才长长松了口气，他看着担架上几乎要奄奄一息的高迎祥，轻轻地冷笑一声，吩咐手下人：“好好治疗他，不能让他死了。”
沈周在一边道：“大人，看来闯贼已经快不行了，这样的人，还用得着费心嘛，以我看，当场斩了，传首京师不就成了？”
孙传庭摇头：“绝不能当场斩首，无论如活，我也要将活人送到圣上面前。”
沈周皱了皱眉：“您要献俘，让圣上高兴高兴。”
孙传庭道：“几年以来，流贼气焰冲天，十分嚣张，以闯贼为首，横行天下，杀人无数，甚至还毁了圣上的祖陵，如此深仇大恨，圣上岂会不报一报？传首京师，未免太便宜闯贼了。我要让圣上看到活人，这样圣上定会传旨，在京城之中处死闯贼。这对于官军的士气，是一个极大的振奋。而对于流贼，则是巨大的震慑。”
沈周这才不说什么了。
孙传庭剿灭了高迎祥的大军，立时传令，全军沿来路，退出谷去，以防秦军前来攻打。
他十分清楚，这个时候的官军，已经是强弩之末了，经不起任何人马的冲击，更何况是凶悍异常的秦军，他所在的地方，离西安已经不太远了，秦军一旦得到消息，肯定会派重兵，前来解救高迎祥的，自己能吃掉高迎祥的人马，已经是万幸，见好就收吧。至于秦军，只要等着农民军被压下去之后，秦军也便支持不了多久。
于是大队官军，押送高迎祥，向南出谷而去，半路上正遇到范雎，此时他已经接应到了苏单，一见孙传庭生擒高迎祥，全歼农民军，不住地向他道贺。
孙传庭倒没有沾沾自喜，他让苏单前去回复子义，说自己已经灭了高迎祥，多谢他的这条好计，日后定当重报。
苏单得了些赏，带着自己那些随丛，打马向华阴去了。
这条消息，震惊了天下，孙传庭以前威名不著，官军和农民军中没有多少人知道他，但经此一役，孙传庭名扬天下。
崇祯皇帝接到了孙传庭的奏报，一时还不敢相信，他万万没想到，孙传庭以所部两三万人，居然全歼了高迎祥的五万人马，还将高迎祥生擒活捉，要来献俘。他甚至派了太监到孙传庭那里，查看是不是事实。等到有急报回来之后，说确实生擒了高迎祥，崇祯这才相信。
他大喜之下，重赏孙传庭。崇祯封孙传庭为陕西巡抚，握有兵权。因为这个时候，陕西的大部分，都被秦军占据，因此孙传庭这个巡抚有点有名无实，但是也可以看得出来，崇祯对于陕西的重视，而且下一步的计划，就是让孙传庭夺回西安，剿灭秦军。