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小智带着皮卡丘就朝神社跑去。小美却在船中等着小智拿到火之岛的圣物回来，而且她并没有发现小刚正在跟踪小智。
“这个应该就是宝物了，时间紧迫，我还是快点离开好了。”到神社的路上可以说是比较的安全，没有发生什么事情，而后就看到前面一个建筑物里有一个红色的发光的珠子，小智看着它自言自语的说到。
当小智走上前去，奋力的把珠子拿了下来，而后就看到红色珠子里好像有一股火焰的燃烧，拿起来感觉很温暖，他也没管那么多，收起来就想要去下一个岛拿其他的宝物。
就在这时，小智就看到一种明显长有黄色羽毛的鸟类小精灵。其眼周有黑色环状的“眼圈”包围，长有橘色的长尖喙。其翅膀和尾巴包有大量尖钉似的羽毛，其翼背部和尾羽内侧长有黑色羽毛。头冠完全由一大撮尖锐的羽毛构成。其腿部为土黄色，并在足部分出脚趾。后面看到这一幕的小刚，惊讶的说道“这不是闪电鸟吗？他怎么会出现在火之岛呢！……”
‘呲呲呲呲啦~~’，不过就在这时突然有了这样的声音，而且大量的闪电袭来，闪电到处的肆虐。害得小刚不得不用超能力来保护自己，让自己不被闪电鸟的闪电劈中。小智却带着皮卡丘拼命的躲开闪电鸟的闪电。
……………
同时，在亚细亚岛中。“刚刚我还说简单呢，可是却偏偏遇上这种暴风雨，在暴风雨里前进太困难了。”芙卢拉看着海上狂风大作，喃喃地说道。
“姐，你的船应该在吧，把船借给我。”芙卢拉对小优说道。
“小优的船前几天被借走了，你想要干什么啊？”小优的爷爷，也就是芙卢拉的爷爷走了过来，反问道。
“有人为了这种没有意义的例行公事而遇到危险，而且还是我拜托的他的，这是我的责任啊，我必须要去救他啊。”芙卢拉解释道。
“你说你想救小智和小刚？”这时，小雪她们走了过来，小霞问道。
“难道你不想救他们吗？”芙卢拉似乎早已看穿了小霞的心思说道。
“如果小智他真的遇到危险的话，我也会不顾一切去救他的。”小霞叹了口气说道！
“小刚他已经去帮助小智了，这点困难对他们来说。一点问题都没有。我们这样冒失的过去。只会给他们添麻烦而已”小雪解释道。
“可是……”
“不管怎么说，小刚他也收服了传说中的闪电鸟和火焰鸟。而且还有石英大会的前8强：小智，他们也不会轻易的认输的。”
听到到小雪的解释后，芙萝拉和他爷爷惊讶看着小霞他们。不知该说什么了，只能在这里静静地等着小智和小刚的回归。
……
与此同时世界各地正生了奇异的变化，黑云笼罩着世界，点点白雪缓缓下降到地面，现的季节是——夏天，世界人民正惊恐的看着这一变划。
……
真新镇，…
“老爸，这是怎么回事？”小智家，花子对着大木博士问道，刚才是天气好好的，无缘无故天空变暗了，突然下一阵大雨，不到片刻又消失了，现又下起雪了……
“听橘子群岛的内木博士说道。这异变是来自橘子群岛。这件事应该是和二十年前的那一件事一模一样。”大木博士看着天空的变化，心渐渐泛起丝丝不安。
“你是说，有人惹怒了橘子群岛的那三只小精灵，才会导致天气异变。”
“没错”大木博士点头说道。
“老爸，那我们该怎么办啊！小智他还在橘子群岛呢！”看到这一幕的花子。担心的说道。
“我也没有什么办法啊！二十年前的那件事。你也在场。你应该知道小智他爸是怎么平息那三只小精灵的怒火的。”
“老爸。快点准备直升机。我们一起去橘子群岛。再带着那只会说话的喵喵，他能翻译小精灵的语言。这样的话。我们也能快速平息他们的怒火。”花子解释道，随后，大木博士就和花子一起向研究所走去。
……
众人闻言再次朝空看起，几道巨大淡绿色的极光劈开黑云，出现众人面前，渐渐的，极光也开始生变化，淡绿色缓缓变为紫色，紫色再次变化为红色，红色变化为黄色，漫天密集成一群朝极光冲去！
渐渐的，黑云消失，雪消失、极光消失、天空重恢复原样，仿佛没有生过变化，唯一不变的是……
众人和小精灵的不安。此时，世界各地也都异象纷纷，电视正播放着此事……
“突然全世界生的异常变化，被认为是深层海流生了异变所引起的，深层海流是这个星球的海底深处流动的海流，据说控制着全世界的气候、天气和自然，据说异变的心处于橘子群岛附近！”
……
此时，在火之岛中，小智冒着闪电鸟的闪电，带着皮卡丘向海边跑去。而皮卡丘的脸颊发出许多的电流。与空中的闪电鸟交流。就在小智快要跑到海边的时候，一道闪电劈中了小智的脚边，发声了爆炸。把小智给炸出几米外。同时一个金黄色的球从他的身上跑了出来。只见那个全黄色的球慢慢滚进了海里。直接沉入了大海。而皮卡丘正在被闪电鸟的闪电攻击。
看到这一幕的小智，看了看Gs球沉入大海的位置。再看着皮卡丘被闪电击中难受的样子。此时他做出了选择。立即跑到皮卡丘旁边。对皮卡丘说道“皮卡丘，快点躲开。不要再跟着这只傻鸟废话了。直接打败他就行了”
而在另一边，小刚看到这一幕。心中暗想到“还好我用超能力把我的气息给掩盖了。不然的话闪电鸟也会发现我的，并且用闪电来劈我。而小智的皮卡丘用电系小精灵的交流方式和闪电鸟交流。却被他用闪电劈。才会让小智没有去理沉入大海的Gs球。我到底要不要去感谢闪电鸟呢！”
想完事情之后。嘴里小声的说了一句“瞬间移动。”随后一股力量遍布在小刚周围，让他消失在原地。